Plugins

Biomimetisches Speichersystem für DeepSeek Harness: ein einzelner SQLite-Speicher (node:sqlite, WAL), dessen Markdown-Baum als schreibgeschützter Spiegel geführt wird; Speicher-Tools, Injektion eingefrorener Snapshots zu Sitzungsbeginn, abgestufte Genehmigungsschwellen, bedarfsgesteuerte Extraktion der aktuellen Sitzung, Zusammenführung von Fast-Duplikaten, ein Archiv- und Überschreibungs-Lebenszyklus, Speicher-Stoffwechsel (dream), Speicher-Pins, semantisches Wiederauffinden über lokale Embeddings und der Befehl /memory.

Ganzbericht-Verifikation für wissenschaftliche Berichte: Prüfung pro Aussage gegen Crossref, PubMed (Retraktions-Scan), ClinicalTrials.gov, UniProtKB, GEO/SRA und PatentsView, URL-Erreichbarkeit und Titelübereinstimmung, Aussage-vs-Quelle-Bedeutung bei Temperatur 0 sowie ein dauerhaftes, neu startbares Audit-Ledger mit annotiertem Bericht.

Bioinformatik-„Wunsch-Analyse“-Plugin: vollständige BioPython-Abdeckung (beliebiger Code-Executor bio_python + 14 Domänen-Skills) + hochfrequente semantische Tools + Null-Abhängigkeit-Selbst-Bootstrap-Python-Umgebung (uv + venv + biopython automatischer Download in Plugin-Privatverzeichnis). Benutzer können nach Download und Installation direkt Wunsch-Analysen durchführen.

蛋白质结构预测与设计插件：序列设计（ProteinMPNN/SolubleMPNN/LigandMPNN）、结构预测（ESMFold）、复合物界面筛选、序列理化打分与多样性聚类——零手动自举（本地 CPU/GPU 自适应），供 dsh-bio-genie 消费 | Protein structure prediction & design toolkit for dsh (sequence design, folding, interface screening)

基因组尺度代谢模型（GEM）构建插件：输入细菌全基因组（蛋白FASTA，支持多质粒/多染色体），自动构建+验证+补洞+出报告（SBML + 模型卡），供 dsh-bio-genie 消费工具加载使用 | Genome-scale metabolic model builder for dsh

Bioinformatics workflow catalog, WDL bundle store, and declarative preflight for DeepSeek Harness.