dsh-bioviewer

dsh-bioviewer

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在 DeepSeek Harness 侧边栏里查看生物大分子、冷冻电镜密度图与小分子。插件向 dsh-better-sidebar 注册预览器，用 Mol*（@molstudio/react）渲染，与 BioViewer VS Code 扩展 同一套 viewer。

功能

• PDB / mmCIF / Binary CIF、MRC 密度图、小分子，以及 Chimera .cmm 标记（可与密度图叠图）
• 所有格式支持 .gz；「BioViewer」tab 浏览工作区；跟随 DSH 明暗主题与界面语言
• 文件被改写时替换重载，不叠加
• 模型可用 bio_open 打开文件或数据库条目（pdb:1cbs、alphafold:P00533、emdb:EMD-1234）

截图

支持的格式

类别	扩展名	Mol* reader
结构	pdb ent	pdb
结构	cif mmcif mcif bcif	mmcif
体数据	mrc map ccp4	ccp4
小分子	sdf sd	sdf
小分子	mol	mol
小分子	mol2	mol2
小分子	pdbqt	pdbqt
小分子	gro	gro
小分子	xyz	xyz
标记模型	cmm	MolStudio 画成球与管

每个扩展名也都支持 .gz（1abc.pdb.gz、map.mrc.gz 等）。

安装

dsh plugin --profile web add dsh-bioviewer
dsh plugin --profile web add dsh-better-sidebar@latest

没有 better-sidebar 时插件会加载，但不显示 viewer。开发用本地检出：

bun install && bun run build
dsh plugin --profile web add "link:$PWD"

市场上架

插件会出现在读取 GitHub dsh-plugin topic 的市场，以及 awesome-dsh-plugin 目录。商店图见 screenshots.json。图标与 BioViewer VS Code 扩展 共用 resources/img/icon.png。

使用

侧边栏 + 菜单打开「BioViewer」，或从文件树 / 聊天链接打开受支持的文件。.gz 与未压缩文件用法相同。

Agent 打开

bio_open 的 target 是路径或 pdb: / alphafold: / emdb: 条目，打开新标签。bio_add 用同样的 target 把对象叠进当前 BioViewer（密度图叠结构、标记叠密度图、再开一个 PDB）。没有已打开的 viewer 时 bio_add 会先创建一个。title 可选。delivered: true 表示已到达客户端；false 表示侧边栏未挂载、已排队。不支持的扩展名会被拒绝，并列出可支持格式。

开发

Bun 1.4.4。bun run verify:fast 是 pre-push 与 CI 的门禁。架构与宿主契约见 AGENTS.md；规格见 规格索引；历史验证 不是当前验收。

bun install
bun run verify:fast

已知限制

工作区浏览器只列一层。

许可证

MIT