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ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op

ostar999/ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op

dsh-插件｜一个专业的医院感染病例分析工作台

インストール

dsh plugin --profile web add github:ostar999/ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op

README

AI 院感分析工作台（DSH 插件）

当前是 DeepSeek Harness 插件版本，Web / Docker 版本地址为：https://github.com/ostar999/ostar-nosocomial-infection-workbench-webui-op

把院感诊断能力做成一个按病例工作的分析台： 一个任务 = 一个病例，导入该病例的多份诊疗材料，点一次「开始综合分析」，得到按标准条文 判定、可复算、可下载的《医院感染分析报告》，随后还能就这个病例继续追问。

目录

功能

  • 任务即病例：新建任务（标题 / 患者标识 / 性别 / 年龄 / 备注），任务之间数据完全隔离。
  • 批量导入：一次选多个文件，或直接选/拖入一个包含病例文件夹的上级目录；每个子文件夹名成为任务名。 支持 xlsx、docx、csv、md、txt、pdf。旧版 .doc / .xls 可导入但会标记解析失败，请在材料列表中看到提醒后另存为 .docx / .xlsx；不支持扫描件或图片型 PDF：这类 PDF 没有文本层，导入会直接报错提醒。
  • 材料解析：内置零依赖解析器
    • xlsx 直接读 OOXML（共享字符串、多工作表、日期格式还原）
    • docx 读 word/document.xml（段落、表格、换行）
    • csv 自动识别分隔符，UTF-8/UTF-16/GB18030 自动解码
    • pdf 默认使用内置 pdfjs-dist 提取文本层；本机有 poppler/mutool 时优先使用，未安装也不影响；无文本层时直接报错，不做 OCR
  • 综合分析：三阶段流水线 —— 材料整备 → 结构化病例事实抽取 → 按 skill 规则表逐条判定并生成报告； 判定与评分严格使用内置 skill 的 rules/stage1_general.json、stage3_special.json、checklists.json、scoring.json， 并把解读文件与政府文件（857/861/862/863/509 解读、2013/2018/2025 指南解读、2001 标准、187/136 号、潜伏期表）一起放进上下文。
  • 面向读者的报告：正文只写标准官方名称（如《WS/T857-2025医院感染病例判定标准-通用原则》）， 不出现目录、.md、反引号；每节先结论段再表格，判定/排除依据、可能性明细、信息缺口全部表格化。 模型若仍写出内部路径，lib/citations.js 会按 skill/display-names.json 兜底改写。
  • 报告文件：每份分析都会在任务目录写出 院感分析报告.md、.html（可打印、自带样式）、.txt、.docx（Word）、.pdf， 以及 分析明细.json（抽取事实 + 用量 + 载入标准清单）；面板内可直接预览、复制，一次选择多种格式导出。 Word 由内置 OOXML 生成器输出；PDF 经 Host 的 officeToPdf 从 Word 转换，缺失时回退本机 LibreOffice。
  • 病例问答：围绕该病例的材料原文 + 分析明细（结构化事实）+ 已生成报告追问； 回答同样使用标准官方名称并给出条文号，多轮问答稳定可用；支持 Markdown/HTML/TXT/Word/PDF 多格式导出。
  • 会话上下文：病例问答和院感助手按模型上下文窗口分配预算；较早对话自动压缩为持久摘要，刷新/重启后仍生效； 对话底部状态栏显示轮次、运行状态、tok/s、用量、缓存命中率和上下文百分比，点击百分比圆环查看分段占用。
  • 抽取运行反馈：结构化事实抽取阶段显示已运行时间、已输出字符/思考字数、动态进度条，避免长时间无反馈。
  • 引用追溯：报告与问答里的《标准》§条款可点击，弹出官方名称、条款号、开发者归纳的摘要与官方链接；引用卡不内置全文，联网检索可给相关原文段落与访问地址。
  • 病例时间线：根据分析明细的结构化事实生成事件、器械时段与判定窗口（VAP/CAUTI/CLABSI 48 小时、SSI 30/90 天、14 天重复窗），标出窗内/未到起点/超出终点。
  • 批量导入/分析/删除：批量导入选择一个上级目录（每个病例一个子文件夹）；批量分析多选任务，按自定义最高并行数执行（默认 4，1–16，选择会被记住），侧栏显示并行数、进度、活动任务与取消；批量删除为独立入口。
  • 公开来源检索：需要标准/文件原文、条款出处或遇到不确定处时，检索多个公开来源，提供官方名称、相关原文段落与来源链接；不整篇转载，不向用户暴露内置资料。
  • 院感助手：独立的通用知识问答，不读取病例材料；支持多会话、状态灯、搜索、排序、批量删除、重命名、多格式导出（Markdown/HTML/TXT/Word/PDF）、建议问题与引用追溯。
  • 任务分组与排序：任务可填分组；侧栏按分组显示，默认按创建时间从近到远，可切换最早创建、最近更新、名称排序。
  • 环境检查：模型选择左侧的滑杆按钮打开环境检查，可查看 PDF.js、poppler、mutool、PDF 导出服务状态；缺失的可选项支持一键安装（macOS 使用 Homebrew，其他平台显示手动命令）。
  • 模型可选：右上角两个选择框，分别选择模型与思考等级（列表来自 DeepSeek Harness 已配置的模型）； 首次加载继承工作区当前模型，之后的选择保存在本工作台，不影响全局默认。
  • 流式进度：分析过程分步骤展示，报告边生成边显示；支持中途取消。
  • Agent 工具：同时注册 infection_workbench 工具（list_tasks / create_task / import_folder / analyze / job / get_task / ask / export），可以在对话里驱动同一套操作。

安装与卸载

本仓库包名为 ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op。以下以本地源码安装为例；也可以直接在 DSH 中添加 GitHub 仓库地址。

1. 环境要求

  • DeepSeek Harness 桌面端，或可运行 dsh web 的 DSH Web 环境；
  • Node.js 22.13 LTS 或 24+（PDF.js 要求）；
  • 安装目录可写；
  • pdfjs-dist 是插件的 npm 依赖。正常在线安装会自动安装；内网离线环境请预装 node_modules 或使用带依赖的离线包。

2. 获取插件

git clone <仓库地址> infection-workbench
cd infection-workbench
npm install

如果使用离线目录，请确认目录中已有 node_modules/pdfjs-dist。

3. DeepSeek Harness 桌面端

桌面端使用 desktop profile。

方式 A：图形界面添加插件（推荐）

  1. 打开 DeepSeek Harness；

  2. 进入「设置」→「插件 / Plugins」→「添加插件」；

  3. 在输入框中填入 GitHub 仓库地址：

    https://github.com/ostar999/ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op

    也可以直接填本地插件目录的绝对路径，例如：

    /absolute/path/to/infection-workbench

  4. 点击「安装」，等待包和 pdfjs-dist 依赖安装完成；

  5. 重启 DSH，侧栏出现盾牌图标即成功。

使用 GitHub 地址时，请确认仓库根目录就是插件目录（包含 package.json 和 cordis.patch.yml）。如果使用 fork 或开发分支，优先填本地绝对路径，避免装到旧版本。

方式 B：命令行安装本地源码
cd /absolute/path/to/infection-workbench
npm install

dsh plugin --profile desktop add "link:/absolute/path/to/infection-workbench"

随后确认 ~/.dsh/profiles/desktop/package.json 中的 dsh.profile.bundles 包含：

"ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op"

如果命令没有自动加入 bundle 列表，手动补上并重启 DSH。Windows 路径为：

%USERPROFILE%\.dsh\profiles\desktop\package.json

4. DSH Web

DSH Web 使用独立的 web profile，需要单独安装。

方式 A：Web 插件页面

  1. 启动：

    dsh web

  2. 打开终端输出的 Web 地址；

  3. 进入「设置」→「插件 / Plugins」→「添加插件」；

  4. 填入 GitHub 仓库地址或本地插件目录的绝对路径：

    https://github.com/ostar999/ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op

  5. 点击「安装」，等待依赖安装完成；

  6. 刷新页面，必要时重启 dsh web，侧栏出现盾牌图标。

方式 B：命令行安装本地源码
dsh plugin --profile web add "link:/absolute/path/to/infection-workbench"

确认 ~/.dsh/profiles/web/package.json 的 dsh.profile.bundles 中包含：

"ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op"

然后重启：

dsh web

5. 安装后验证

  • 侧栏出现「欧星星·AI院感工作台」盾牌图标；
  • 打开面板，右上角版本号应为当前版本（如 v2.17.4）；
  • 点击模型选择左侧的滑杆按钮，打开「环境检查与依赖」，确认：
    • PDF.js 已安装；
    • officeToPdf 可用（用于 PDF 导出）；
    • poppler/mutool 可选，没有也不影响 PDF.js 解析；
  • 新建任务，导入一份 docx 或文本层 PDF，确认材料状态为「已解析」。

6. 卸载

桌面端：图形界面
  1. 「设置」→「插件 / Plugins」；
  2. 找到「欧星星·AI院感工作台」；
  3. 选择卸载/移除；
  4. 重启 DSH。
桌面端：命令行
dsh plugin --profile desktop remove ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op

然后从 ~/.dsh/profiles/desktop/package.json 的 dsh.profile.bundles 中删除：

"ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op"

重启 DSH。

DSH Web：图形界面
  1. 进入 Web 的「设置」→「插件 / Plugins」；
  2. 卸载「欧星星·AI院感工作台」；
  3. 刷新页面或重启 dsh web。
DSH Web：命令行
dsh plugin --profile web remove ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op

从 ~/.dsh/profiles/web/package.json 的 dsh.profile.bundles 中删除对应项，然后重启：

dsh web

只是暂时不用时，优先在插件管理器中「禁用」，不要卸载；禁用会保留任务数据。

7. 数据与彻底清理

卸载插件不会删除病例材料、报告和问答记录。默认数据目录：

~/.dsh/data/infection-workbench

如果配置了自定义 dataDir，以配置为准。确认不再需要后，可手动删除：

rm -rf ~/.dsh/data/infection-workbench

此操作不可恢复，请先备份需要保留的报告和材料。

桌面端和 Web 默认共用同一个数据目录；如果两端都安装过，卸载其中一个不会影响另一个的数据。

8. 升级

  1. 更新插件源码或安装新版本包；
  2. 在插件目录重新执行 npm install，确保 PDF.js 版本同步；
  3. 重启 DSH 桌面端，或重启 dsh web；
  4. 任务数据保存在数据目录中，升级不会自动清空。

9. 常见问题

  • 侧栏没有图标：确认 dsh.profile.bundles 已加入包名，并重启 DSH；
  • PDF 导入报 pdfjs-dist 未安装：在插件目录执行 npm install，或使用带依赖的离线包；
  • PDF 无文本层：扫描件/图片型 PDF 不支持，会作为失败材料显示；
  • .doc/.xls 解析失败：请另存为 .docx/.xlsx；
  • PDF 导出不可用：检查 DSH Host 是否提供 officeToPdf；没有时使用 Word/HTML/TXT 导出；
  • 安装后版本仍旧：DSH 可能缓存旧模块，完全退出并重新启动，而不只是刷新页面。

使用

  1. 侧边栏点击盾牌图标，或从插件页面进入面板。
  2. 「新建任务」→ 填病例标识。
  3. 「导入文件」或「导入文件夹」：病程记录、检验、微生物培养、医嘱、体温、影像报告等都可以一起放进来。
  4. 切到「综合分析」→ 可直接开始，也可以在“本次关注点”里写：重点判断是否为 VAP。
  5. 分析完成后查看报告，按需下载 Markdown / HTML；有任何疑问切到「病例问答」继续追问。

内置 skill（与插件同仓）

skill/ 是插件的一部分，随插件发版，不关联任何外部仓库：

  • 内容：SKILL.md、display-names.json、rules/、references/解读/（9 份：8 份原文解读 + 1 份三管诊断速查）、 references/ 下的政府文件与传染病潜伏期速查表。
  • 本仓库不收录期刊论文与卫生行业标准的完整文本；解读文件只引用事实、阈值与原则，正式引用请回到原文。
  • 修改直接在 skill/ 内进行，随插件提交，不需要同步脚本。
  • 插件运行时只读包内 skill/，不依赖任何外部目录，也不做网络同步。

配置

配置写在 profile 的 cordis.patch.yml 中该行的 config 下（都有默认值）：

- id: infection-workbench
  name: "ostar-dsh-nosocomial-infection-workbench-op"
  config:
    dataDir: "" # 数据目录；空 = $DSH_PROFILE_DIR/data/infection-workbench，未设该变量时 ~/.dsh/data/infection-workbench
    provider: "" # 部署级兜底提供方；空 = 跟随工作区默认模型（面板中的选择优先）
    model: "" # 部署级兜底模型 id；空 = 跟随工作区默认模型
    materialChars: 260000 # 病例材料注入上限（字符）
    standardsChars: 420000 # 解读文件与政府文件注入上限（字符，全量约 10 万）
    chatChars: 420000 # 问答上下文上限（字符，与综合分析同一套资料）
    standardsMode: full # 保留兼容；当前 full 与 core 都注入全部 14 份资料

本仓库内只收录解读文件与政府文件，不收录期刊论文与标准全文。当前 full / core 都注入全部 15 份资料， 避免出现“报告里没参考某份指南”的情况；如需裁剪，可调整 lib/prompt.js 的 CORE_STANDARDS 或 standardsChars。

数据位置

<dataDir>/                        # 默认 ~/.dsh/data/infection-workbench
  state.json                     # 任务索引 + 每个任务的分析状态、问答记录
  model-selection.json           # 本工作台选择的模型与思考等级（可选）
  tasks/<taskId>/
    files/                       # 原始材料
    text/<materialId>.txt        # 解析出的纯文本
    院感分析报告.md / .html
    分析明细.json

材料与报告只留在本机，不写入会话日志，也不上送。

目录结构

index.js            Host 入口：配置、路由注册、agent 工具
lib/server.js       HTTP 路由（/infection-workbench/*），逐请求做 Host 凭据校验
lib/store.js        任务持久化（原子写、合并写）
lib/import.js       导入：文件 / 文件夹
lib/extract.js      各格式解析
lib/xml.js, zip.js  零依赖 XML / ZIP 读取
lib/prompt.js       skill 载入与提示词组装（含报告引用名）
lib/citations.js    内部路径 → 标准官方名称的兜底改写
lib/llm.js          模型解析与流式调用
lib/analysis.js     三阶段分析、问答、任务取消
lib/markdown.js     报告 Markdown → 独立 HTML / 纯文本
lib/docx.js         Markdown → Word（OOXML，零依赖）
lib/zipwrite.js     内置 ZIP 写入（docx 打包）
lib/export.js       md / html / txt / docx / pdf 五格式导出
client.js           面板 UI（React，经 window.__ModuleLoader__ 注册）
skill/              内置诊断 skill（与插件同仓；解读文件 + 政府文件 + 规则表）

说明

  • 本插件输出为辅助分析结果，最终诊断由临床医师结合患者整体情况作出；报告末尾固定包含该声明。
  • 判定口径与术语沿用 skill：区分“医院感染病例判定（感控口径）”与“临床感染诊断（诊疗口径）”。
  • PDF 若为扫描件（无文本层），会给出提示；请提供可复制文字的版本或补充对应文书。

软件许可

本项目采用 AGPL-3.0 + 商业许可 双轨授权：

  • 个人学习、研究、评估，以及医院内部自部署，在遵守 AGPL-3.0 的前提下可免费使用；
  • 不愿履行 AGPL 源代码义务的商业集成方，可申请商业许可；
  • 经济困难可申请减免；
  • 商业许可收入用于覆盖维护、服务器、标注、文档和测试等持续成本。

完整许可证文本见 LICENSE，授权政策与商业许可申请方式见 LICENSE-COMMERCIAL.md，版权归属见 NOTICE。第三方内容的授权状态见 THIRD-PARTY.md。

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