プラグイン

DeepSeek Harness 用の生体模倣型メモリ システム:Markdown ツリーを読み取り専用ミラーとして保持する単一の SQLite ストア(node:sqlite、WAL)。メモリ ツール、セッション開始時の凍結スナップショット注入、段階的承認ゲーティング、現セッションのオン デマンド抽出、ニア重複マージ、アーカイブおよび置換ライフサイクル、メモリ代謝(dream)、メモリ ピン、ローカル埋め込みによる意味的想起、および /memory コマンド。

科学研究レポートの全体検証: Crossref、PubMed（撤稿スキャン）、ClinicalTrials.gov、UniProtKB、GEO/SRA、PatentsView に対するクレームごとのチェック、URL アクセシビリティとタイトル一致、temperature 0 におけるクレームとソースの意味比較、そして注釈付きレポート付きの永続的で再開可能な監査台帳。

バイオインフォマティクス「願いどおりの分析」プラグイン：BioPython 全機能カバー（任意コードエグゼキューター bio_python + 14 領域スキル）＋高頻度セマンティックツール＋ゼロ依存セルフブートストラップ Python 環境（uv + venv + biopython をプラグインのプライベートディレクトリへ自動ダウンロード）。ユーザーはダウンロードしてインストールするだけで願いどおりの分析が可能。

蛋白质结构预测与设计插件：序列设计（ProteinMPNN/SolubleMPNN/LigandMPNN）、结构预测（ESMFold）、复合物界面筛选、序列理化打分与多样性聚类——零手动自举（本地 CPU/GPU 自适应），供 dsh-bio-genie 消费 | Protein structure prediction & design toolkit for dsh (sequence design, folding, interface screening)

基因组尺度代谢模型（GEM）构建插件：输入细菌全基因组（蛋白FASTA，支持多质粒/多染色体），自动构建+验证+补洞+出报告（SBML + 模型卡），供 dsh-bio-genie 消费工具加载使用 | Genome-scale metabolic model builder for dsh

Bioinformatics workflow catalog, WDL bundle store, and declarative preflight for DeepSeek Harness.