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sanmu-skills

luffysolution-svg/sanmu-skills

Research Agent skills, literature search with citation tracking, document-to-markdown knowledge base builder, and in-depth reading with browser workbench for DeepSeek Harness.

Install

dsh plugin --profile web add github:luffysolution-svg/sanmu-skills

README

sanmu-skills

三木的科研 Agent Skills 合集

文档转换 · 文献精读 · 文献检索:把实际科研中沉淀的工作方法,整理成可安装、可复用的技能。

Release 自动化测试 Agent Skills MIT 许可证

简体中文 · English

技能一览 · 效果图览 · 安装 · 使用 · 参与贡献

技能一览

技能一句话适合的请求
sanmu-doc2md把论文、教材、课件转成保留公式、高清图表和页码来源的 Markdown 知识库“把这本扫描教材按章转成 Markdown”“论文转 Obsidian 笔记,公式别乱”
sanmu-paper-reader精读论文和 SI,每个结论都能追回原文位置和实验条件“精读这篇,解释 Fig. 4”“比较这三篇的产氢性能能不能直接比”
sanmu-paper-search从课题、论文或作者出发找文献,如实记录查了哪里、漏了什么“帮我找 FLP 光热产氢的论文”“这篇被撤稿了吗”“下载它的 SI 原图”

三个技能可以单独用,也可以串起来:检索 → 拿到 PDF / SI → 转换 → 精读。任何一个没装,其余两个照常工作。

sanmu-doc2md

  • 按文档类型选路:教材按章拆分,课件按讲次整理,论文独立成篇并与 SI 双向链接。
  • 公式和图表不走样:全量 KaTeX 预检,图表优先取源文件原图,多面板碎图可回源重裁。
  • 错了能追回去:保留原页页码,所有修正都写进带原值守卫的 repairs 文件,原始 OCR 不动。
  • 接上 Zotero:同步元数据、阅读笔记和 PDF 批注,写入经官方 MCP 执行并回读确认。

sanmu-paper-reader

  • 五种场景:单篇精读、跨文献比较、跨学科迁移、跨主题组织、知识库问答。
  • 证据可追溯:每个论断记录原文位置、单位和工况,作者结论、你的解读、待验证假设分开写。
  • 材料化学检查项:合成表征、催化电化学、DFT、光谱机理、性能比较,按论文实际内容挑选。
  • 按需增强:图文对照、Mermaid 机理图、复现准备 SOP 草案、Benchmark 表、SI 定向检索。
  • 多源检索:OpenAlex、Semantic Scholar、Crossref,可选 SciVerse(结构化文献、全文语义 RAG 与引文关系)、AI4Scholar(S2、Google Scholar、专利、PubMed)、Serper 和 Exa 语义补搜。
  • 期刊分区与科研辅助:easyScholar 分区、IF、CCF 与预警标注;SciVerse Paper Schema 结构化论文剖析与复现材料包;AI4Scholar 科研绘图、矢量化和自动引文。
  • 引文扩展与作者消歧:参考文献、施引文献、相似论文分开记录;同名作者用稳定 ID 与课题方向锚定。
  • 全文、原文切片与 SI:Europe PMC 免 Key 获取 JATS 全文和补充材料原图包并核验撤稿与勘误;SciVerse 按 Unicode 码点偏移读取原文 Markdown 并提取正文高清原图。
  • 如实报告:成功、零结果、截断、失败分开记录,不把“没查到”说成“不存在”。

效果图览

点击下方分类卡片展开查看高清实机截图与交互演示(共 32 张全景展示,涵盖图谱、检索、解析、精读及各宿主实机界面):

🌌 关系图谱全景与时间轴分析 — 查看星系图谱全景、跨度20年引文网络与桥梁文献标记
1. 物理力导向星系图谱动态交互演示

基于 Obsidian 物理力场引擎构建,支持鼠标拖拽碰撞、弹性回弹、节点悬停实时预览文献题录元数据。

力导向星系图谱交互演示

2. 年份演进时间轴动态交互演示

按发表年份横向展开文献脉络,纵向标定被引权重与层级,鼠标滑动实时高亮施引与参考文献流向。

年份演进时间轴交互演示

3. 力导向星系静态全景与核心情报

中心种子文献辐射展开,自动发现识别「共被引基石文献」与「桥梁文献」,提供图谱核心情报统计。

引文与共著者关系图谱全景

4. 年份演进时间轴全景视图

清晰呈现 2004 至 2023 年跨度 20 年的引文脉络演进,直观把控课题技术发展历史。

年份演进时间轴图谱

引文网络全景与桥梁文献标记

🔍 多源学术文献检索与原位引文追溯(sanmu-paper-search) — 点击展开查看检索通道、原位抽屉与批次分析
1. 14+ 项拓展检索通道

支持 SciVerse 全文语义 RAG、谷歌学术、全球专利、PubMed、Semantic Scholar 全文片段及 Exa AI 语义检索。

多源拓展检索通道

2. 多源题录精确核验

跨 OpenAlex、Semantic Scholar、Crossref 实时校验真实题录,自动探测开放获取 (OA) 全文与可下载 PDF。

多源精确核验

3. 检索结果卡片与中科院分区标注

集成 easyScholar 权威等级(中科院 1/2 区 TOP、JCR Q1、IF、预警标注)、AI 智能要点 (TLDR)、随手批注与课题标签。

检索结果与分区标注

4. 原位展开施引文献(最新追踪抽屉)

点击「施引」直接在当前卡片内联展开最新施引工作,不跳转页面、不丢失当前检索上下文,并自动同步至关系图谱。

原位展开施引文献

5. 原位展开参考文献(向前溯源抽屉)

点击「参考文献」原位向前溯源基石文献,支持一键跨源补齐摘要、直接加入收藏篮或存入 Zotero。

原位展开参考文献

6. 搜索历史记录与批次进阶分析

完整记录每次检索与追溯批次,支持勾选多条历史记录执行「去重合并 (Merge)」或「前后对比 (Diff)」。

历史批次与合并对比

📝 学术文档解析为 Obsidian 知识库(sanmu-doc2md) — 点击展开查看长篇教材切片、公式还原与顶刊入库
1. 从本机 Zotero 文库直接点选文档

自动读取本地 Zotero 分类目录与条目,带入完整题录元数据与本地 PDF/SI 附件,一键发起高精度解析。

Zotero分类文档挑选

2. 多种学术装配模式

支持科研论文双链装配、课件 slides 讲义重构、长篇教材 book 智能切片与章节重组。

解析装配模式

3. 教材切片解析实机展示:《材料科学基础》

自动按章节拆分为独立笔记,提取晶体缺陷等高清矢量插图,形成整洁的 Obsidian 树状知识库。

教材解析-材料科学基础

4. 高难数学物理公式 100% 渲染:《物理化学》统计热力学

连乘、连加、微观状态数等复杂公式完美转为标准 LaTeX,全量通过 KaTeX 校验,无乱码伪影。

教材解析-物理化学公式

5. 工科高清工程图纸保留:《化工制图》

完美保留机械制图正投影等复杂几何图纸与全套标准数据表,支持 3 倍高清原图裁切。

教材解析-化工制图工程图

6. 自动生成的知识库目录导航

自动生成包含书目信息、章节索引、插图统计与公式编译通过率的完整知识库导航页。

教材解析-知识库导航索引

7. 顶刊论文解析入库效果:《Nature Machine Intelligence》

自动生成 Obsidian Properties 结构化题录、双向链接 SI 补充材料笔记,正文排版工整优雅。

顶刊论文解析入库

📖 证据链文献精读与深度报告(sanmu-paper-reader) — 点击展开查看精读长文、机理图表与页码溯源
1. 对标同行评审标准的深度精读长文报告

自动补齐核心题录、催化机理剖析、光催化析氢速率严格 Benchmark 对比及对当前课题的直接启发。

文献深度精读报告

2. Obsidian 结构化精读长笔记与方法链拆解

包含微调 LLM 概念抽取、时序图神经网络架构、Mermaid 方法链流程图与严格的实验验证假设。

Obsidian文献精读长笔记

3. 图文折叠对照与物理页码考证

自动插入折叠 Callout 原图对照,每一个关键结论均核验对应的正文页码或无印刷页码物理页。

精读图文对照与页码考证

🎨 科研绘图、矢量化与自动引文(AI4Scholar 科研工具箱) — 点击展开查看科研绘图与顶刊风格预设
1. AI4Scholar 科研模式矩阵

支持智能科研绘图、文生图、风格迁移、指令改图、位图转矢量 PDF+可编辑 PPTX、纯矢量 SVG、专家审图与学术段落自动引文。

科研绘图模式矩阵

2. 学术专业风格预设与参数微调

支持 16:9 / 1:1 等画幅与 2K 高清,内置 Nature 顶刊风、BioRender 生物医学风、催化机理示意图、3D 纳米材料渲染等预设。

绘图风格与参数配置

🖥️ 多宿主原生接入与配置工作台(DeepSeek Harness / ZCode / Zotero) — 点击展开查看客户端实机安装与设置中心
1. DeepSeek Harness 桌面端:添加插件

在 DSH 桌面端直接输入 github:luffysolution-svg/sanmu-skills 即可一键拉取安装。

DSH桌面端添加插件

2. DeepSeek Harness 桌面端:插件启用

安装后在插件列表中开启「三木文献检索」,随合集自动装配 3 个技能与 24 个 MCP 工具。

DSH插件启用状态

3. DeepSeek Harness 桌面端:常驻侧栏入口

右侧栏一键调出 1:1 还原的完整科研工作台,无需配置额外端口。

DSH右侧栏工作台入口

4. ZCode 桌面端:添加插件市场

在 ZCode 插件市场点击「添加」填入仓库标识快速接入。

ZCode添加插件市场

5. ZCode 桌面端:个人插件管理

市场中即点即用,支持版本无缝更新与状态查看。

ZCode个人插件列表

6. ZCode 桌面端:原生工作台与对话协同

左侧 AI 智能对话,右侧常驻三木工作台,图谱、检索、Zotero 状态实时互通。

ZCode右侧栏工作台

7. Zotero 本地 API 授权

严格遵循安全规范,调用本地接口时弹出官方授权提示,保障文献数据安全。

Zotero本地API授权

8. 同步存入 Zotero 文库与标签

一键将题录、分区标签及随手批注同步写回 Zotero 对应分类。

同步存入Zotero文库

9. 全源 API 凭据、Zotero 与存储统一设置中心

9 种学术与 AI 数据源 Key、Zotero 服务地址及下载目录一站式可视化配置与自检。

API与工作台设置中心

安装

1.10.3 的完整插件包含 3 个技能、统一 CLI scripts/sanmu.mjs 和 24 个 MCP 工具,在 DeepSeek Harness 中通过原生入口复用完整 ZCode 工作台,在其他终端宿主中提供浏览器工作台。通用运行环境为 Node.js ≥22.20、Python ≥3.10;从 GitHub 安装还需 Git。支持 DSH 0.2.1-rc.3 桌面端及其 Electron Node.js 22.20.0。下载版本以 Release 页面实际提供的资产为准。

安装渠道一览

渠道安装方式包含
Claude Code一步安装,见下文3 技能 + CLI + MCP + 浏览器工作台
Codex添加仓库市场后安装,可复制为一行3 技能 + CLI + MCP + 浏览器工作台
Pi ≥1.4pi install git:github.com/luffysolution-svg/sanmu-skills3 技能 + CLI + 原生 MCP + 浏览器工作台
DeepSeek Harness插件市场搜索「三木文献检索」一键安装更新,或桌面端【插件 → 添加插件】输入 GitHub 标识 / TGZ 地址3 技能 + CLI + MCP + 完整工作台
ZCode桌面端插件市场 UI 或 Release 插件 ZIP3 技能 + MCP + 常驻侧栏工作台
npm / npx skills(通用)全局 npm i -g skills 后执行 skills add 或免安装直接 npx skills add luffysolution-svg/sanmu-skills --all -g --copy技能说明与各技能脚本,可单选;不含完整宿主 MCP 安装
腾讯 SkillHubdoc2md · reader · search单个技能
WorkBuddy客户端【专家·技能·连接器 → 技能】中搜索“三木”单个技能
skills.sh / SkillsMP合集页面,使用 npx 命令安装技能说明与各技能脚本
GitHub Release合集 ZIP、ZCode ZIP、各平台技能 ZIP 与完整 .tgz详见渠道发布说明

同一宿主选择一种安装方式即可,同时用插件和 npx 安装会重复加载技能。仓库自建 marketplace 不代表 Anthropic、OpenAI 或 ZCode 官方收录;Pi 包目录、npm 与 DSH 的包生态也不代表已通过官方商店审核。

让 AI 助手安装(推荐)

把下面这段发给你正在用的 AI 编码助手:

请帮我安装并配置三木的 sanmu-skills:
https://github.com/luffysolution-svg/sanmu-skills

1. 检查 Git、Node.js ≥22.20、Python ≥3.10;支持 DSH 0.2.1-rc.3 的 Electron Node.js 22.20.0。
   已有安装时先检查本地修改,按当前宿主选择一种完整安装方式:
   Claude Code:claude plugin install sanmu-skills --marketplace luffysolution-svg/sanmu-skills
   Codex:codex plugin marketplace add luffysolution-svg/sanmu-skills && codex plugin add sanmu-skills@sanmu-skills
   Pi ≥1.4:pi install git:github.com/luffysolution-svg/sanmu-skills
   DSH 桌面端:在现有「插件 → 添加插件」输入 github:luffysolution-svg/sanmu-skills 或 Release 的完整 TGZ 地址。
   desktop 是保留 profile,由桌面端管理;CLI 仅用于其他已有 profile。安装后从对话头「三木文献检索」或右栏「+」打开完整工作台。
   ZCode:使用桌面端插件市场 UI 添加此 GitHub 仓库,或安装 Release 的 ZCode 插件 ZIP。
2. 定位安装根目录,运行 node "<安装根>/scripts/sanmu.mjs" doctor,只检查状态。
   首次文档解析会自动在数据目录准备私有 Python venv 和 KaTeX;
   如需提前准备,运行 node "<安装根>/scripts/sanmu.mjs" setup。
   不把依赖写入插件安装缓存或系统 Python/Node 环境。
3. 免费检索可先不用 Key。付费 API Key 和 MINERU_API_TOKEN 由我在工作台设置或宿主 userenv 中填写;
   只检查是否配置,不显示值。MinerU Token 可到 https://mineru.net 申请。
   Zotero 写入需 Zotero 8+ 的本机授权,不直接写数据库。
4. 如果当前助手只支持技能目录,则用(通用参数 --all):
   npx skills add luffysolution-svg/sanmu-skills --all -g --copy
   或已全局安装 skills CLI(npm install -g skills)时使用:
   skills add luffysolution-svg/sanmu-skills --all -g --copy
   并明确这只安装 SKILL 和各技能脚本,依赖按各技能指南准备,不是完整 MCP/工作台安装。
5. 告诉我安装位置、doctor 结果、如何打开工作台,以及还需要我配置什么。

Claude Code

一步安装:

claude plugin install sanmu-skills --marketplace luffysolution-svg/sanmu-skills

也保留先添加市场再安装的方式:

claude plugin marketplace add luffysolution-svg/sanmu-skills
claude plugin install sanmu-skills@sanmu-skills

会话内也可使用 /plugin install sanmu-skills --marketplace luffysolution-svg/sanmu-skills。

Codex

两步可复制为一行:

codex plugin marketplace add luffysolution-svg/sanmu-skills && codex plugin add sanmu-skills@sanmu-skills

需要支持 plugin marketplace 的新版 Codex CLI。安装后重开会话,可在 /plugins 中管理。

Pi

pi install git:github.com/luffysolution-svg/sanmu-skills

需要 Pi ≥1.4,通过宿主原生 registerMcpServer 接入完整 MCP,无需第三方桥接扩展。

DeepSeek Harness(DSH)

支持 DSH 0.2.1-rc.3 桌面端,兼容其 Electron 内置的 Node.js 22.20.0;独立 Node.js 环境需 ≥22.20,文档解析另需 Python ≥3.10。

桌面端安装

可直接在 DSH 插件市场搜索「三木文献检索」或 sanmu-skills 一键安装并支持自动更新;或在现有 DSH 桌面端打开 插件(Plugins)→ 添加插件(Add Plugin),输入 GitHub 标识:

github:luffysolution-svg/sanmu-skills

也可输入 Release 中完整 TGZ 的下载地址,例如:

https://github.com/luffysolution-svg/sanmu-skills/releases/download/v1.10.3/sanmu-skills-1.10.3.tgz

安装确认后启用 sanmu-skills,即可直接在对话头部或右侧栏打开完整工作台。桌面端保留的 desktop profile 通过这个界面管理,普通 dsh CLI 不管理该 profile。已有的其他 profile 可使用:

# 市场/仓库直接添加
dsh plugin --profile <已有的非desktop-profile名> add luffysolution-svg/sanmu-skills
# 或指定 GitHub 标识
dsh plugin --profile <已有的非desktop-profile名> add github:luffysolution-svg/sanmu-skills

ZCode

在 ZCode 桌面端插件市场 UI 添加 luffysolution-svg/sanmu-skills 仓库并安装插件;也可从 GitHub Release 下载 sanmu-paper-search-zcode-plugin-<版本>.zip,解压后通过 UI 的本地插件市场入口加载。此单独 ZIP 也包含全部 3 个技能、完整 MCP、关系图谱、Zotero 联动和文档解析工作台。普通桌面用户无需全局 zcode 命令,加载时选择自己实际解压的位置。

只安装技能 / 手动安装

可通过 skills 安装器的 npm 全局工具或 npx 免安装运行:

# 方式 A:通过 npm 全局安装 skills CLI(推荐经常使用 Agent 技能的用户)
npm install -g skills
skills add luffysolution-svg/sanmu-skills --all -g --copy

# 方式 B:免全局安装,直接通过 npx 运行
npx skills add luffysolution-svg/sanmu-skills --all -g --copy

# 只装一个(以 doc2md 为例)
skills add luffysolution-svg/sanmu-skills --skill sanmu-doc2md -g
# 或免安装:npx skills add luffysolution-svg/sanmu-skills --skill sanmu-doc2md -g

# 查看与更新
skills add luffysolution-svg/sanmu-skills --list
skills update

# 手动获取源码
git clone https://github.com/luffysolution-svg/sanmu-skills.git

npm / npx 安装方式均需要 Git 和 Node.js 环境;它只安装 SKILL 与各技能脚本。手动安装时,把 skills/ 下需要的技能目录完整复制或链接到助手的技能目录,例如 ~/.agents/skills/sanmu-doc2md。这两种方式的 Python 第三方库、KaTeX 和可选功能按各技能指南准备:doc2md · reader · search。

完整包的运行环境与配置

完整包首次文档解析会自动把 Python 第三方依赖装入数据目录中的私有 venv,把 KaTeX 准备到 <数据目录>/doc2md-node/,不写插件安装缓存或系统环境。可提前运行 setup;doctor 只读取状态,不安装依赖。

node "<安装根>/scripts/sanmu.mjs" doctor
node "<安装根>/scripts/sanmu.mjs" setup

SANMU_DATA_DIR 可显式指定数据目录,SANMU_PYTHON 可指定 Python 解释器;SANMU_NO_AUTO_SETUP=1 关闭首次使用时的自动依赖准备。API Key 仍需自行填入工作台「设置」或宿主 userenv:免费检索可不填 Key 起步,付费来源需相应账户与额度,MinerU 云端 OCR 需 MINERU_API_TOKEN;local_fast 可做本地原生提取。Zotero 写入需本机运行 Zotero 8+ 并允许写授权;可移植 zotero_library 工具支持添加笔记和更新条目并回读确认,不直接写数据库。

使用

装好后直接用自然语言描述任务,助手会自动选用对应技能:

把这份扫描教材整理成 Markdown 知识库,按章节组织,保留公式和高清图表,并完成全量校验。

精读这篇光催化论文,解释 Fig. 4 和 Fig. 5,区分实验观察和机理推断。

围绕 MatterGen 这篇论文分别找参考文献、施引文献和相似研究,看看哪些已经在我的 Zotero 里。

各技能的运行环境、命令和能力边界见各自的使用指南。

参与贡献

欢迎通过 Issues 反馈问题、提交可复现案例或改进建议,也欢迎 Pull Request。

  • 每个技能放在 skills/<技能名>/,SKILL.md 里的 name 与目录名一致。
  • 修改已有技能时保留实战经验和陷阱说明,只改与问题直接相关的部分。
  • 测试在仓库根目录运行:
python tests/sanmu-doc2md/_selftest.py                       # 需先装 doc2md 的 Python 与 Node 依赖
python -m unittest discover -s tests/sanmu-paper-reader -v
python -m unittest discover -s tests/sanmu-paper-search -v
python -m unittest discover -s distribution/tests -v
node --test tests/zcode-paper-search/test_mcp_server.mjs tests/zcode-paper-search/test_panel.mjs

打包、版本与各渠道发布流程见 渠道发布说明。

许可证

MIT

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