gaussian-dsh-plugin

gaussian-dsh-plugin

一个在 DSH (DeepSeek Harness) 客户端里运行的 Gaussian 16 计算辅助插件，把 Gaussian、RDKit、Multiwfn、VMD 串成一条 AI 可调用的工具链。

A DSH (DeepSeek Harness) plugin that turns Gaussian 16, RDKit, Multiwfn and VMD into an AI-callable toolchain.

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这是什么 / What it does

你用自然语言跟 DSH 说一句"帮我优化这个分子"，插件会自动：

• SMILES / ChemDraw 文件 → 3D 建模 → 生成 Gaussian .gjf 输入；
• 串行提交 Gaussian 计算（防止在多核机器上并行跑崩）；
• 解析 .out/.log（能量、收敛、HOMO-LUMO、偶极、频率、热力学量）；
• 算完自动调 Multiwfn + VMD 出 HOMO/LUMO 轨道图、ESP 表面图、RDG/NCI 弱相互作用图。

You just talk to DSH in natural language. The plugin handles: SMILES/ChemDraw file → 3D geometry → Gaussian input → serial job → output parsing → Multiwfn/VMD post-processing (orbitals / ESP / RDG).

功能工具 / Tools

工具	作用	是否开箱即用
gaussian_status	后端与 Gaussian 可执行文件状态	需本机有 Gaussian 16
generate_gaussian_input	生成 .gjf（校验方法/基组）	✅ 开箱即用
generate_gaussian_input_from_smiles	SMILES → RDKit 3D → Gaussian 输入	✅ 开箱即用
extract_structure_from_file	从 .mol/.cdxml/.gjf/.out/.log/.xyz/.pdb 识别 SMILES	✅ 开箱即用
submit_gaussian_job / get_gaussian_job / list_gaussian_jobs / stop_gaussian_job	任务管理（串行）	需本机有 Gaussian 16
parse_gaussian_output	解析能量/收敛/HOMO-LUMO/频率/热力学	✅ 开箱即用
search_basis_sets / get_basis_set	BSE 官方基组库（在线 API）	✅ 联网即用
search_gaussian_keywords	Gaussian 关键词查询	✅ 开箱即用
diagnose_gaussian_error	常见报错诊断	✅ 开箱即用
postprocess_capabilities	探测 Multiwfn/VMD/formchk 是否就绪	需自行安装后处理软件
create_postprocess_task / get_postprocess_task / list_postprocess_tasks	轨道/ESP/RDG 出图（异步）	需 Multiwfn + VMD
sobko_search / sobko_fetch	检索本地 Sobko 知识库	❌ 作者本地专用，需自行部署

共 19 个工具。RDKit 和 OpenBabel 已随插件打包，目标机无需单独安装 Python/RDKit/OpenBabel。

前置条件 / Prerequisites

插件本身自带后端（已编译为 exe，含 RDKit/OpenBabel），但以下专业软件需要你自己装在本机：

必需（不装则部分功能不可用）

• Gaussian 16（g16.exe + formchk.exe）—— 商业软件，需自行购买授权
  • 装完后设置环境变量 GAUSSIAN_EXE 指向 g16.exe，FORMCHK_EXE 指向 formchk.exe

可选（不装则后处理出图不可用，但生成输入/解析输出仍可用）

• Multiwfn ≥ 3.8（http://sobereva.com/multiwfn/ ，免费学术使用）
  • 装完后设置 MULTIWFN_EXE 指向 Multiwfn.exe
• VMD（https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ ）
  • 装完后设置 VMD_EXE 指向 vmd.exe

不需要装的（已打包）

• ✅ Python 运行时（后端 exe 内置）
• ✅ RDKit（已编译进后端 exe）
• ✅ OpenBabel（在 runtimes/win32-x64/openbabel/ 里）

硬件建议：8 核 CPU、16 GB 内存（插件默认 mem=12GB / nproc=8，串行跑，不要并行提交多个 Gaussian 任务）。

安装 / Installation

方式 A：从 npm 安装（推荐）

在 DSH 客户端 → 插件 → 添加插件，搜索包名安装：

@yangdw2024/gp

后端 exe 已随 npm 包携带，无需单独下载。

包名说明：npm 上的正式包名是 @yangdw2024/gp。这是短包名——DSH 会根据包名生成快照目录，包名太长会触发 Windows MAX_PATH 260 限制导致后端启动失败。

方式 B：从 GitHub Release 下载

1. 到 Releases 页面 下载最新的 gaussian-dsh-plugin-vX.X.X-win32-x64.zip
2. 解压到短路径（例如 D:\plugins\gaussian-dsh\，不要放在深层目录或含空格/中文的路径下）
3. DSH → 设置 → 插件 → 添加插件 → 选择解压后的目录

安装后配置

插件默认路径是作者本机的（D:\G16W\g16.exe 等），你必须用环境变量覆盖成自己的路径：

环境变量	指向
GAUSSIAN_EXE	你的 g16.exe
FORMCHK_EXE	你的 formchk.exe
MULTIWFN_EXE	你的 Multiwfn.exe（可选）
VMD_EXE	你的 vmd.exe（可选）
GAUSSIAN_WORK_DIR	Gaussian 输入/输出存放目录（建议不要放 C 盘）

设完环境变量后，完全退出 DSH（托盘退出、进程结束）再重开。

快速测试 / Quick test

装好后跟 DSH 说：

用 gaussian_status 查后端状态，再用 postprocess_capabilities 确认 Multiwfn/VMD 都就绪。然后用 SMILES c1ccccc1（苯）生成一个 B3LYP/6-31G(d,p) 的优化输入，先不要提交。

如果 gaussian_status 返回 status: ok，说明后端已正常拉起。

配置 / Configuration

后端可执行文件路径默认写了作者本机位置，不一致就用环境变量覆盖（重启后端 / 完全退出重启 DSH 生效）。

环境变量	默认	说明
GAUSSIAN_BACKEND_MODE	managed	managed=插件自行拉起后端；external=复用已运行的外部后端
GAUSSIAN_BACKEND_URL	http://127.0.0.1:8765	external 模式下连接的后端地址
GAUSSIAN_EXE	D:\G16W\g16.exe	Gaussian 主程序（必须改）
FORMCHK_EXE	D:\G16W\formchk.exe	chk → fchk（必须改）
MULTIWFN_EXE	D:\Multiwfn\Multiwfn_3.8_bin_Win64\Multiwfn.exe	Multiwfn（可选）
VMD_EXE	D:\VMD\vmd.exe	VMD（可选）
GAUSSIAN_WORK_DIR	作者本机路径	输入 / 输出 / chk 工作目录
GAUSSIAN_DATA_DIR	%USERPROFILE%\.gaussian-dsh	任务记录 / 后处理产物 / 日志目录
GAUSSIAN_DEFAULT_MEM	12GB	Gaussian 内存预算
GAUSSIAN_DEFAULT_NPROC	8	核数（串行，勿并行）

局限性 / Limitations

• 目前仅在 Windows + Gaussian 16 + Multiwfn 3.8 上测试过；
• 后处理出图主要在小体系上端到端验证，大体系建议先小测；
• sobko_search / sobko_fetch 两个工具依赖作者本地部署的知识库（Ollama + 1700 篇论文索引），其他用户这两个工具不可用，忽略即可；
• Gaussian/Multiwfn/VMD 是商业/专有软件，本插件不包含它们，也不提供下载。

许可 / License

MIT。本插件本身开源，但调用的 Gaussian 归 Gaussian Inc.、Multiwfn 归 Tian Lu、VMD 归 UIUC，各自遵循其许可。