Плагины

Биомиметическая система памяти для DeepSeek Harness: единое хранилище SQLite (node:sqlite, WAL), дерево Markdown которого хранится как зеркало только для чтения; инструменты памяти, внедрение замороженного снимка при запуске сессии, ступенчатое одобрение по шлюзам, извлечение текущей сессии по запросу, слияние почти дубликатов, жизненный цикл архивирования и замены, метаболизм памяти (dream), закрепления памяти, семантическое извлечение по локальным эмбеддингам, а также команда /memory.

Полная проверка отчётов для научных отчётов: проверка каждого утверждения по Crossref, PubMed (сканирование отзывов), ClinicalTrials.gov, UniProtKB, GEO/SRA и PatentsView, доступность URL и совпадение заголовков, смысл утверждение-источник при температуре 0, а также устойчивый перезапускаемый журнал аудита с аннотированным отчётом.

Плагин биоинформатического «желательного анализа»: полный охват BioPython (произвольный исполнитель кода bio_python + 14 доменных навыков) + высокочастотные семантические инструменты + самозагрузка Python-окружения с нулевыми зависимостями (uv + venv + автоматическая загрузка biopython в приватный каталог плагина). Пользователь скачивает и устанавливает — и может желать анализ.

蛋白质结构预测与设计插件：序列设计（ProteinMPNN/SolubleMPNN/LigandMPNN）、结构预测（ESMFold）、复合物界面筛选、序列理化打分与多样性聚类——零手动自举（本地 CPU/GPU 自适应），供 dsh-bio-genie 消费 | Protein structure prediction & design toolkit for dsh (sequence design, folding, interface screening)

基因组尺度代谢模型（GEM）构建插件：输入细菌全基因组（蛋白FASTA，支持多质粒/多染色体），自动构建+验证+补洞+出报告（SBML + 模型卡），供 dsh-bio-genie 消费工具加载使用 | Genome-scale metabolic model builder for dsh

Bioinformatics workflow catalog, WDL bundle store, and declarative preflight for DeepSeek Harness.