插件

生信智能体预设，含 17 个 BioDSH 分析技能（单细胞、bulk RNA-seq、生存分析、回归、方差分析）、可用 skill_library 工具检索的 2000+ 技能库、按消息自动选技能和按时间/步数的收敛护栏。

DeepSeek Harness 的 BioDSH 生物信息学 Agent 预设，含 BioDSH 技能、2,000 多项技能库、自动选技和收敛保护。

面向 DSH 的 Claude Science 式科研工作台：ReAct 研究循环引擎（research_* 工具）、带溯源的版本化工件（artifact_* 工具）与面向基因组/病原体/生物信息的 10 个科研技能。

可复现科学分析工作台：agent 驱动的 cell、内联图形与反馈重画、manifest 溯源、环境快照与出版级出图技能（9 个 bio_* 工具 + 工作台界面）。

文献研究工具集，注册 26 个模型工具，覆盖 PubMed、Europe PMC、OpenAlex、PubTator3 与 Semantic Scholar：字段语法检索、ID 互换、残缺引文定位、引文格式化、MeSH 与相关文献追溯、PubTator 生物概念归一与关系查询、Europe PMC 与 Semantic Scholar 翻页检索、全文获取，以及开放获取 PDF 发现（可选下载）。统一检索会跨源去重，排序依次按跨源命中、相关度、被引数；会话知识图谱带 PubTator 概念富集，可提交为持久用户图谱并渲染为 Mermaid。多数数据源无需密钥。

面向科研报告的整篇校验工作流：逐条核对 Crossref、PubMed（含撤稿扫描）、ClinicalTrials.gov、UniProtKB、GEO/SRA 和 PatentsView，核验 URL 可访问性与标题一致性，以温度 0 判定声明与原文含义一致，输出可恢复的审计账本与标注版校验报告。

为 DeepSeek Harness 提供可识别基因组组装版本的草莓研究证据工具。

生物医学研究插件：biomcp MCP 服务器工具、科学绘图技能与深度研究子智能体，遵循 agentskills.io 开放标准

生物信息学「许愿式分析」插件：BioPython 全功能覆盖（任意代码执行器 + 14 个领域 skill）+ 高频语义化工具 + 零依赖自举 Python 环境，下载安装即可用。

在持久 Python 内核里跑 OmicVerse/OmicOS 生信分析，附能力目录检索、内核变量查看与账号订阅页签。

单细胞 RNA-seq 分析工作台，界面按钮与 agent 工具共用同一套实现：导入 h5ad、10x、loom、Seurat RDS 与压缩包，跑质控、过滤、标准化、高变基因、PCA、邻居图、聚类、UMAP/t-SNE、标记基因与细胞类型注释，提供分辨率扫描与标记基因面板，并导出 h5ad、结果表与报告。

GEO 与 bulk 转录组分析工作台，后端为本地 Python 与 R 引擎：检索下载 GEO 系列、导入自有 counts/TPM 矩阵，再做质控、过滤、标准化、去批次、PCA、差异表达、GO/KEGG/GSEA 富集、免疫浸润、生存与预后分析、把分子签名映射到单细胞数据，以及 circRNA、miRNA、lncRNA、融合基因与可变剪接模块。

WispOps（dsh-wisp-ops）：DSH 多主机运维，含巡检、磁盘及近期文件分析、组学清理建议、安全分诊、逐服务器定时报表及人工批准 sudo。

蛋白结构预测与设计：MPNN 序列设计、ESMFold、界面筛选、理化评分与聚类；CPU/GPU 自适应，供 dsh-bio-genie 使用。

面向 DeepSeek Harness 的生物信息学工作流目录、WDL 资产库与声明式预检。